La historia sigue a Sosuke, un niño de 5 años que vive en un pequeño pueblo costero. Un día, mientras pasea por la orilla, encuentra a Ponyo, una extraña criatura que tiene la apariencia de un pez dorado con una cara humana. La pequeña criatura, que originalmente es una especie de “diosa marina”, logra escapar de su padre, Fujimoto, un antiguo humano convertido en mago que vive bajo el mar, y se convierte en una niña humana tras un contacto con el niño.
Ponyo quiere ser humana a toda costa y, para lograrlo, hace un deseo que altera el equilibrio natural del mundo. A medida que la magia de Ponyo se desarrolla, los elementos del mar se descontrolan y las aguas invaden la tierra. La película sigue la relación entre Ponyo y Sosuke, mientras ellos intentan salvar su mundo del caos que se desata debido al deseo de Ponyo de ser humana.
“Mi mamá me dijo que el amor puede cambiar el mundo.”
Sosuke